آفلاتوکسین M1 و M2 به ترتیب متابولیت های آفلاتوکسین B1 و B2 هستند. آفلاتوکسین M1 و M2 در کبد حیواناتی که از خوراک دام آلوده به آفلاتوکسین های گروه B تغذیه می کنند، تولید شده و در شیر این حیوانات یافت می شود. اين تركيبات سمى و سرطان زا ممكن است شير و ساير محصولات لبنى را آلوده كنند.
آفلاتوکسین ها دارای مقاومت حرارتی هستند، بنابراین در طی فرآوری مواد غذایی مانند پختن و پاستوریزه کردن شیر از بین نمی روند. به منظور کنترل ایمنی مواد غذایی، سازمان های نظارتی و بهداشت عمومی محدودیت های جدی برای میزان آفلاتوکسین در مواد غذایی و خوراک دام تعیین کرده اند. آلودگی آفلاتوکسین را می توان با به کارگیری روش های مناسب کشاورزی، تولید و انبارداری کنترل کرد.